Các bản đồ chuyên đề trong hệ thống cơ sở dữ liệu tài nguyên và môi trường biển Thanh Hóa được xây dựng theo đúng các qui phạm, qui định của nhà nước. Phương pháp xây dựng hiện đại, rễ thao tác và quản lý và lưu chữ trong  môi trường GIS phù hợp với trình độ công nghệ thông tin hiện nay. Các số liệu đầu vào để xử lý xây dựng các bản đồ chuyên đề từ các tài liệu, báo cáo, kết quả của các đề tài dự án đã thực hiện ở khu vực ven bờ Thanh Hóa, các số liệu điều tra khảo sát mới nhất theo 2 mùa, các thông tin được tách triết từ dữ liệu viễn thám. Có thể nói các số liệu đầu vào đảm bảo độ tin cậy khi xây dựng các bản đồ chuyên đề tỷ lệ 1; 50.000, đáp ứng độ chính xác khi sử dụng để quản lý, khai thác và sử dụng hợp lý tài nguyên và môi trường vùng bờ biển Thanh Hóa.

Hình 1. Bản đồ sử dụng đất năm 2010 của huyện Hậu Lộc trong trong hệ thống cơ sở dữ liệu tài nguyên và môi trường biển Thanh Hóa.

Các bản đồ xác định các loại đất bị ngập do mực nước biển dâng theo kịch bản của Bộ Tài nguyên Môi trường cho huyện Hậu Lộc được xây dựng sử dụng thuật toán chồng lớp trong phân tích GIS giữa lớp thông tin sử dụng đất với mô hình số độ cao (DEM).

Riêng các bản đồ về phân bố một số các thông số chất lượng môi trường nước như Asen, đồng... được thực hiện theo phương pháp phân tích và nội suy trong các hàm toán học của GIS. Kết quả nội suy đã được kiểm tra và đánh giá đảm bảo độ tin cậy của bản đồ. Còn bản đồ phân bố thông số ô nhiễm khác trong môi trường nước, trầm tích và không khí được thể hiện dưới dạng các điểm gán với giá trị kết quả phân tích mẫu.

Hình 2. Bản đồ phân bố hàm lượng Asen trong môi trường nước tầng đáy mùa khô năm 2012 của hệ thống Cơ sở dữ liệu tài nguyên và môi trường biển Thanh Hóa